Szpital specjalizuje się szczególnie w kardiologii, chirurgii serca i transplantologii, będąc jednym z najważniejszych ośrodków tego typu w Małopolsce i w Polsce.
To tutaj wykonuje się m.in. transplantacje serca i nowoczesne procedury wspomagania krążenia oraz prowadzi się zaawansowane badania kliniczne i działalność naukową. Placówka łączy opiekę medyczną z działalnością dydaktyczną i badawczą oraz współpracuje z Uniwersytetem Jagiellońskim – Collegium Medicum.
Szpital prowadzi także inne oddziały i poradnie, działając na rzecz kompleksowej opieki nad pacjentami z chorobami układu krążenia i innymi schorzeniami.
